JAKIM bertapak di Sabah bermula pada tahun 1978 apabila Bahagian Ugama Jabatan Perdana Menteri menghantar dua orang pegawai agama ke Sabah. Kedua-dua pegawai ini bertugas sebagai Pegawai Perhubungan kepada Institusi Dakwah dan Latihan Islam (INDAH) dan Pusat Penyelidikan Islam (PPI) Bahagian Ugama Jabatan Perdana Menteri.

Pegawai-pegawai tersebut ialah Ustaz Mohd Saman bin Awang dan Ustaz Abdul Hamid bin Ahmad. Mereka ditempatkan di ibu pejabat Majlis Ugama Islam (MUIS) Kota Kinabalu bagi membantu melaksana aktiviti-aktiviti dakwah dan penyelidikan Islam di Sabah. Mereka juga ditugaskan untuk mempertingkatkan penyelarasan aktiviti dakwah bersama Majlis Ugama Islam Sabah MUIS, Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sabah (JHEAINS), Pertubuhan Islam Seluruh Sabah ( USIA , agensi-agensi kerajaan, badan-badan dakwah dan NGO’S di negeri Sabah.

Pejabat yang terawal terletak di rumah kedai dua tingkat di Jalan Penampang, Kota Kinabalu. Cawangan ini diperluaskan fungsinya apabila Kerajaan Negeri Sabah menyerahkan empat buah Pusat Latihan Dakwah (PLD) kepada Kerajaan Persekutuan untuk diurustadbirkan iaitu PLD Keningau, PLD Sikuat, Kudat, PLD Tongod (1984) dan PLD Kundasang (1987) manakala pada tahun 1999 sebidang tanah di Lahad Datu diberi untuk pembinaan pusat latihan di Pantai Timur negeri Sabah. Pada tahun yang sama (1984) Bahagian Hal Ehwal Islam (BAHEIS), secara rasmi menubuhkan cawangan di Sabah dikenali BAHEIS Bahagian Sabah dengan tambahan enam orang pegawai yang ditempatkan di pusat-pusat latihan sebagai tenaga pengajar.

Pada tahun 1985, apabila Wisma MUIS dibina, BAHEIS Bahagian Sabah telah berpindah ke Wisma MUIS. Pada 1 Januari 1997, BAHEIS dinaikkan taraf menjadi sebuah jabatan yang dikenali sebagai Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM),. Sehubungan itu, BAHEIS Bahagian Sabah dikenali dengan JAKIM Cawangan Sabah. Bermula 3 Januari 2007 , JAKIM Cawangan Sabah beroperasi di Aras 6 , Blok A , Kompleks Pentadbiran Kerajaan Persekutuan Sabah , Jalan UMS , Kota Kinabalu.

PENYERAHAN 4 BUAH PUSAT LATIHAN

Bangunan asal Pusat Latihan Dakwah Kudat

Kemudiannya pada tahun hari Isnin 21 Mei 1984, sejarah penting dakwah tercatat apabila Kerajaan Negeri Sabah menyerahkan 3 buah pusat latihan dakwah di bawah pentadbiran Majlis Ugama Islam Sabah (MUIS) untuk diurus tadbir oleh Bahagian Hal Ehwal Islam (BAHEIS), Jabatan Perdana Menteri. Pusat-pusat latihan tersebut merupakan Pusat Latihan Dakwah Keningau, Sikuati (Kudat) dan Tongod (tidak beroperasi). Majlis Penyerahan ini telah dilakukan oleh Tan Sri Hashim bin Aman, Ketua Setiausaha Negara bagi pihak Kerajaan Persekutuan manakala Tan Sri (Datuk) Abdul Hamid bin Goh, Setiausaha Kerajaan Negeri Sabah pada waktu itu.

Bangunan asal Pusat Latihan Dakwah Keningau

Panorama awal Pusat Latihan Dakwah Kundasang

Majlis turut disaksikan oleh YAB Datuk Musa bin Hitam, Timbalan Perdana Menteri Malaysia manakala YAB Datuk Haris bin Salleh selaku Ketua Menteri Sabah ketika itu mewakili Kerajaan Negeri Sabah. Majlis diadakan di Jabatan Perdana Menteri, Jalan Dato’ Onn, Kuala Lumpur. Manakala pada tahun 1987 pula , MUIS telah menyerahkan kompleks pusat latihan kepada BAHEIS dengan tujuan digunakan sebagai Pusat Latihan Dakwah

PENGANUGERAHAN SEBIDANG TANAH UNTUK PEMBINAAN PUSAT LATIHAN ISLAM LAHAD DATU

Seterusnya pada tahun 1999, Kerajaan Negeri Sabah telah menganugerahkan sebidang tanah seluas 60 ekar di Silabukan, Lahad Datu. Pemberian ini adalah bertujuan untuk menubuhkan sebuah pusat latihan yang dapat memberi latihan kepimpinan dan kefahaman Islam bagi seluruh Pantai Timur Negeri Sabah.Projek pembinaan kompleks ini dimulakan pada bulan Ogos 1999 dengan kos RM16.878 juta. Kompleks Pusat Latihan Islam Lahad Datu yang baru, siap dibina pada bulan Ogos 2008 dan akan beroperasi di kompleks tersebut pada tahun 2009.