Program yang dijalankan oleh unit ini dalam bidang aqidah ialah membantu pihak berkuasa agama negeri dan agensi berkaitan dalam memantapkan aqidah ummah, mengawal pengaruh ajaran sesat dan membendung diayah agama-agama lain di kalangan umat Islam.
Unit Penyelidikan bermula dengan penempatan Ustaz Abdul Hamid bin Ahmad yang bertugas sebagai Pegawai Perhubungan Institusi Pusat Penyelidikan Islam (PPI) Bahagian Ugama, Jabatan Perdana Menteri di Majlis Ugama Islam Sabah (MUIS) pada tahun 1978.
Peranan
Peranan utama unit ini dalam penyelidikan adalah mengkaji dan menyelidik untuk keperluan masyarakat. Antara kajian tersebut meliputi:
| a) | Aqidah |
| b) | Dakwah |
| c) | Syariah |
| d) | Pendidikan Islam |
| e) | Penerbitan |
Program
Program yang dijalankan oleh unit ini dibahagikan kepada tujuh bidang utama iaitu:
1. Bahagian Aqidah:
| i. | Kajian/Pemantauan terhadap ajaran sesat |
| ii. | Kajian/Pemantauan terhadap isu-isu semasa |
2. Bahagian Syariah:
| i. | Membantu pihak berkuasa negeri JHEAINS dalam menjalankan pemeriksaan |
| dan pemantauan permohonan Sijil Halal Malaysia | |
| ii. | Jawatankuasa pemeriksa/pemantauan permohonan Sijil Halal Malaysia |
| iii. | Pemantauan Bahan-bahan Penerbitan Berunsur Islam bersama Bahagian |
| Kawalan Penerbitan dan Teks al-Quran, Kementerian Keselamatan Dalam | |
| Negeri dan Bahagian Penyelidikan Jakim. |
3. Penyelidikan:
| i. | Penyelidikan isu-isu semasa |
| ii. | Penyelidikan/taklimat mengenai ajaran sesat |
4. Penyelaras penerbitan buletin Jakim Cawangan Sabah
5. Penyelaras percetakan bahan penerbitan Jakim Cawangan Sabah
6. Penerbitan artikel dan berita di akhbar tempatan
7. Menyediakan laporan tahunan jabatan
